Ks. Madej prawie całe swoje kapłańskie życie spędził w parafii wokół świątyni, która stała się konkatedrą, a z czasem została podniesiona do rangi bazyliki mniejszej. Stało się to za jego probostwa, które objął z początkiem sierpnia 1993 r.

W realiach nowej Diecezji Sandomierskiej zrobił doktorat i był wykładowcą, ale pracę naukową musiał odłożyć by poskładać ruch parafialny skupiony w kilkudziesięciu grupach formacyjnych. A doszedł do tego remont bazyliki, który trwał lata. Przed kościołem stanął pomnik Jana Pawła II, a obok rozpoczęło działalność Muzeum Św. Jana Pawła II.

Proboszcz E. Madej był też współzałożycielem Katolickiego Klubu Sportowego „Victoria”. Za swoją działalność został wpisany do Księgi Zasłużonych dla Miasta Stalowa Wola. Posługę na konkatedralnym probostwie kończy 17 maja. Tegoż dnia na mszy o godz. 9 wierni przywitają nowego proboszcza. Z woli biskupa został nim ks. Tomasz Szostek. Jest kapłanem znanym nie tylko w diecezji. Współzarządza diecezjalnym „Caritasem”, jest dyrektorem Środowiskowego Domu Samopomocy w Rudniku nad Sanem.